Rzeźba "Java Dancer" (1913/14), brąz częściowo pozłacany

Wkrótce po opuszczeniu stowarzyszenia artystycznego „Die Brücke” pod koniec 1907 roku Nolde spotkał w Berlinie norweskiego malarza Edvarda Muncha, którego twórczość wywarła na nim ogromne wrażenie. Podczas wizyty swojego przyjaciela Hansa Fehra w 1908 roku zaczął odkrywać technikę malarstwa akwarelowego i w końcu nauczył się ją wirtuozersko wykorzystywać.

Obecnie dorobek Nolde obejmuje liczne prace akwarelowe, obrazy olejne, prace graficzne i kilka rzeźb. Charakterystyczne jest jego intensywne użycie koloru. Chociaż artysta zawsze pozostawał figuratywny w swoich motywach (np. pejzaże, kwiaty, sceny miejskie, motywy religijne), swoje obrazy „komponował” wyłącznie z koloru. Kiedy w 1927 roku Nolde wprowadził się do swojego ceglanego domu „Seebüll” w Neukirchen w północnych Niemczech, otoczył go dużym ogrodem, który dostarczał mu mnóstwo motywów.

Badania od dawna wskazywały, że stanowisko Nolde'a wobec narodowego socjalizmu było problematyczne. Jego wykluczenie z Rzeszyjskiej Izby Sztuk Pięknych wiązało się z zakazem wystawiania, sprzedaży i publikacji. Nolde wielokrotnie starał się o rehabilitację i uznanie jako artysta państwowy. Jednak do końca odmawiano mu tego prawa. Jego malarstwo po prostu nie było formalnie zgodne z ideami nazistów.

Na otwarciu niesławnej wystawy „Sztuka zdegenerowana” pokazano 48 jego prac, a ponad 1000 dzieł zostało skonfiskowanych. Jednak dzięki swoim kontaktom Nolde był w stanie odzyskać znaczną część tych prac.

Pomimo aktywnego poparcia dla systemu, od 1941 roku miał zakaz pracy. Zakaz ten nie obejmował jednak ogólnego zakazu malowania, jak często później informowano. Podczas wojny stworzył ponad 1000 tak zwanych „niepomalowanych obrazów” w zaciszu swojego domu. Termin ten pierwotnie odnosił się do funkcji tych niewielkich akwareli jako studiów i wstępnych szkiców, które nie zostały przekształcone w duże obrazy. Po 1945 roku te niewątpliwie urocze artystycznie dzieła i ich nazwa przyczyniły się do mistyfikacji Nolde jako prześladowanego artysty.

Pomimo sprzecznych poglądów ideologicznych Nolde jako osoby, wartość artystyczna jego twórczości pozostaje do dziś niekwestionowana. Sposób, w jaki Nolde potrafi sprawić, że kolory obrazu olejnego lub akwareli świecą od wewnątrz, nie ma sobie równych.

Dzieła Emila Nolde'a znajdują się w kolekcjach renomowanych muzeów na całym świecie, m.in. w Art Institute w Chicago, Ermitażu w Sankt Petersburgu, Museum of Modern Art w Nowym Jorku, Brücke Museum w Berlinie, Albertinie w Wiedniu i Kunstmuseum w Bazylei. Ponadto w Seebüll i Berlinie powstały fundacje poświęcone jego pamięci.