Obraz "Klidné moře se dvěma parníky" (kolem roku 1946), stříbrem rámovaná verze

Krátce poté, co Nolde na konci roku 1907 opustil umělecké sdružení „Die Brücke“, se v Berlíně setkal s norským malířem Edvardem Munch, jehož dílo na něj udělalo velký dojem. Během návštěvy svého přítele Hanse Fehra v roce 1908 začal objevovat techniku akvarelu a nakonec i způsob, jak ji virtuózně realizovat.

Dnes Noldeho dílo zahrnuje četné akvarely, olejomalby, grafické práce a několik soch. Charakteristické je jeho intenzivní používání barev. Ačkoli umělec ve svých motivech (např. krajiny, květiny, městské scény, náboženské motivy) vždy zůstal figurativní, své obrazy „komponoval“ výhradně z barev. Když se Nolde v roce 1927 přestěhoval do svého cihlového domu „Seebüll“ v Neukirchenu v severním Německu, obklopil jej velkou zahradou, která mu poskytovala nepřeberné množství motivů.

Výzkum již dlouho poukazoval na to, že Noldeho postoj k národnímu socialismu byl problematický. Jeho vyloučení z Říšské komory výtvarných umění bylo spojeno se zákazem výstav, prodeje a publikací. Nolde se opakovaně snažil o rehabilitaci a uznání jako státní umělec. Toto právo mu však bylo až do konce odepřeno. Jeho malířská tvorba prostě nebyla formálně slučitelná s idejemi nacistů.

Na vernisáži nechvalně známé výstavy „Degenerované umění“ bylo vystaveno 48 jeho děl a více než 1000 děl bylo zabaveno. Díky svým kontaktům se však Noldeovi podařilo velkou část těchto děl získat zpět.

Navzdory jeho aktivnímu přilnutí k systému mu byla od roku 1941 zakázána tvorba. Jeho zákaz však nezahrnoval obecný zákaz malování, jak se později často uvádělo. Během války vytvořil ve svém soukromí více než 1000 takzvaných „nemalovaných obrazů“. Tento termín původně odkazoval na funkci těchto malých akvarelů jako studií a předběžných skic, které nebyly převedeny do velkých obrazů. Po roce 1945 přispěly tyto nepochybně umělecky půvabné kusy a jejich pojmenování k mystifikaci Noldeho jako pronásledovaného umělce.

Navzdory rozporuplným ideologickým postojům Noldeho jako osoby zůstává umělecká hodnota jeho díla dodnes nesporná. Způsob, jakým Nolde dokáže nechat barvu olejomalby nebo akvarelu zářit zevnitř, je bezkonkurenční.

Díla Emila Noldeho se nacházejí ve sbírkách renomovaných muzeí po celém světě, včetně Art Institute v Chicagu, Ermitáže v Petrohradě, Muzea moderního umění v New Yorku, Brücke Museum v Berlíně, Albertiny ve Vídni a Kunstmuseum v Basileji atd. Navíc byly na jeho počest založeny nadace v Seebüllu a Berlíně.